1. -Cyns_ecoli.fasta - аминокислотная последовательность моего белка;
2. -Cyns_pholl.fasta - последовательность одного из белков, найденных мной
3. -thirdprot.fasta - искусственно созданная последовательность, склеенная из двух небольших (10-12 букв каждый) участков аминокислотной последовательности моего белка.

Выравнивание последовательностей со схожей функцией (возможных гомологов)

1. Построила глобальное выравнивание последовательностей из cyns_ecoli.fasta и cyns_pholl.fasta с помощью программы needle. Результат сохранила в файле 1to2.needle
2. Построила локальное выравнивание последовательностей из cyns_ecoli.fasta и cyns_pholl.fasta с помощью программы water. Результат сохранила в файле 1to2.water
3. При сравнении полученных выравниваний, обнаружила, что они идентичны. Также обнаружила, что процент идентичности 71,2 %. Процент схожести 84,6%. Гэпов не обнаружено.

Выравнивание последовательностей, содержащих общие участки

1. Построила глобальное выравнивание последовательностей из cyns_ecoli.fasta и thirdprot.fasta с помощью программы needle. Результат сохранила в файле 1to3.needle
2. Построила локальное выравнивание последовательностей из cyns_ecoli.fasta и thirdprot.fasta с помощью программы water. Результат сохранила в файле1to3.water
3. Построила локальное выравнивание последовательностей из cyns_ecoli.fasta и thirdprot.fasta с помощью программы matcher с выводом трех наилучших вариантов. Результат сохранила в файле 1to3.matcher
4. При сравнении файлов, обнаружено, что выравнивание было построено по трем участкам, первый состоял из 19 остатков, и совпадение было на сто процентов. Второй состоял из 18, и совпадение снова было на сто процентов. Третий состоял из пяти остатков, идентичность была 60%, а схожесть 80%.

   Параметры программ построения выравниваний

   Построила глобальные выравнивания последовательностей из cyns_ecoli.fasta и thirdprot.fasta с помощью программы needle при разных значениях параметра штрафа за открытие гэпа (10, 5, 3). Значение штрафа за продолжение гэпа установила равным 1. В выравнивании, со штрафом за открытие гэпа 10, вес выравнивания равен 145,0. В выравнивании с величиной штрафа 5, вес - 150,0. И в том, где величина штрафа 1, вес выравнивания - 154, 0. Таким образом, как и предполагалось, наблюдается обратная зависимость. 1to3_10_1.needle 1to3_5_1.needle 1to3_1_1.needle

   Карта локального сходства

   Построила карту локального сходства последовательностей из cyns_ecoli.fasta и thirdprot.fasta с помощью программы dotmatcher. При различных значениях параметров ширины окна и веса выравнивания, создала тир файла. dotmatcher1, со стандартно заданными значениями, dotmatcher2, dotmatcher3 с произвольными значениями. Обнаружила, что при увеличении порога на суммарный вес уменьшается количество высчитавемых программой совпадений.

   ---

   ©Babskaya Evgeniya, 2005